1968 Ekvator Ginesi devlet başkanlığı seçimi, Ekvator Ginesi'nde ilk turu 22 Eylül 1968, ikinci turu ise 29 Eylül 1968 tarihinde gerçekleştirilen seçimlerdir.
Bu seçimler bağımsız ülkenin gerçekleştirdiği ilk devlet başkanlığı seçimi konumundadır. Bu seçimlerde ülkenin bağımsızlığa giden sürecinde başbakan olarak görev alan Bonifacio Ondó Edu ile Francisco Macías Nguema arasında gerçekleşmiştir. İlk tur sonunda diğer iki adaya göre daha çok oy alan iki liderin ikinci tur seçimlerinde, oyların %62,35'ini elde eden Nguema bağımsız Ekvator Ginesi'nin ilk devlet başkanı olarak bu makama çıkmıştır. Nguema bu seçimlerden zaferle ayrıldıktan sonra iktidarını güçlendirmiş ve 1973 yılında kendisine ömür boyu devlet başkanı unvanını vermiş ve kendisini mutlaka yakın yetkilerle donatmıştır.
