Molecular Evolutionary Genetics Analysis
| Yazar | Masatoshi Nei, Sudhir Kumar, Koichiro Tamura, Glen Stecher, Daniel Peterson, Nicholas Peterson |
|---|---|
| Geliştirici | Pensilvanya Devlet Üniversitesi |
| İlk yayınlanma | 1993 |
| İşletim sistemi | Windows, OS X, Linux |
| Platform | x86, x86-64 |
| Diller | İngilizce |
| Tür | Biyoinformatik |
| Resmî sitesi | megasoftware.net |
Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) (Türkçe: Moleküler Evrim Genetik Analizi) moleküler evrimin istatisitksel analizini yönetmek ve filogenetik ağaçlar oluşturmak için tasarlanmış bilgisayar programı. Filogeneomik ve filotıp için çok miktarda karmaşık method içerir. Sahipli ücretisiz yazılım olarak lisanslanmıştır. Proje Masatoshi Nei tarafında Pensilvanya Devlet Üniversitesinde başlatılmış olup, öğrencileri Sudhir Kumar ve Koichiro Tamura tarafından desteklenmiştir.[1]
Belli bir zaman sonra MEGA' nın yöneticiliği Kumar (şimdi Temple Üniversitesinde) ve Tamura'ya devir oldu (şimdi Tokyo Metropolitan Üniversitesinde).
Milyonlarca indirilmesinin yanında MEGA 85,00 makalede referans gösterilmiştir. 5. versiyon, yani MEGA5, 4 yılda 25,000 kere referans gösterilmiştir.[2]
Sürüm geçmişi
[değiştir | kaynağı değiştir]| Versiyon | Yayyınlanma tarihi |
|---|---|
| 1.0 | 1993[1] |
| 1.1 | 1994[4] |
| 2.0 | 2000[5] |
| 2.1 | 2001[5] |
| 3.0 | 2004[6] |
| 4.0 | 2006[7] |
| 4.1 | 2008[7] |
| 5.0 | 2011[8] |
| 5.1 | Ekim 2012[8] |
| 5.2 | Nisan 2013[8] |
| 6.0 | Aralık 2013[2] |
| 7.0 | Ocak 2016[9] |
| 10.0 (X) | 2018 |
Özellikleri
[değiştir | kaynağı değiştir]Sekans hizalama yapılandırması
[değiştir | kaynağı değiştir]- Hizalama editörü
- Çoklu dizi hizalaması
- Dizileyici dosya editör ve görüntüleyicisi
- Entegre web tarayıcısı ve dizi alıcıları
Veri eldesi
[değiştir | kaynağı değiştir]- Belirsiz durumları eldesi: R, Y, T, vs.
- Bütün veri özelliklerini kaydetmek için genişletilmiş MEGA formatı
- Clustal, Nexus, vs. formatlarından veri çıkartılması
- Veri keşifçisi
- Alan gruplarının görsel speksifikleştirmesi
Genetik kod tablo bölümü
[değiştir | kaynağı değiştir]- Kullanıcının belirlediği tabloları düzenleme-ekleme yap
- Bir kod tablosunun istatistiksel niteliklerini hesapla
- Bildiğim bütün kod tablolarını içer
Gerçek zamanlı başlık uzman motoru
[değiştir | kaynağı değiştir]- Uzaklık matrisleri, filogenler, testler ve hizalamalar için başlıklar oluştur.
- Başlıkları dış bir programa kopyala
Entegre metin dosyası editörü
[değiştir | kaynağı değiştir]- Kolonal blok seçebilme ve düzenleme
- Satır numarası
- Dizlieri formatlama, tamalayıcı olanı ters çevirme vs yetenekleri
Dizi veri görüntüleyici
[değiştir | kaynağı değiştir]- Veri çıkartma
- Vurgulama
- İstatiksel büyüklüklerin sunma
Nükleotidyerdeğiştirme örneklerinin MCL-tabanlı belirlenmesi
[değiştir | kaynağı değiştir]- 4x4 oran matriksi
- Geçiş-transversiyon hız oranları: k1, k2
- TGeçiş-transversiyon hız sapması: R
Yerdeğiştirme örneklerinin homojenite testi
[değiştir | kaynağı değiştir]- İçerik uzaklığı
- Eşitsizlik indeksi
- Monte-carlo testi
Uzaklığı belirleme metodları
[değiştir | kaynağı değiştir]- Nükleotid-Nükleotid
- Sinonim-Sinonim olmayan: kodon-kodon
- Protein uzaklığı
- Uzaklık hesaplamaları
- Dizi çeşitliliği hesaplamaları
- Varyans hesaplamaları
Seçilim testleri
[değiştir | kaynağı değiştir]- Çok numune Z-testi
- Fisher'ın kesin testi
- Tajima'ın nötrallik testi
Moleküler saat testi
[değiştir | kaynağı değiştir]- Tajima'nın yaklaşık oran testi
Ağaç oluşturma metodları
[değiştir | kaynağı değiştir]- Komşu birleştirme
- Minimum evrim metodu
- UPGMA
- Maksimum bencillik
- Maksimum benzerlik
- Çizme atkısı filogeni testi
- Güven olasılığı testi
- Uzaklık matriksi görüntüleyicisi
Ağaç keşifçileri
[değiştir | kaynağı değiştir]- Filogeni ekranı
- Ayrılma zamanının belirlenmesi
- Ağaç düzenleme
- Ağaç boyutunu değiştirme
- Çoklu ağaç görüntüleyebilme
Dış bağlantılar
[değiştir | kaynağı değiştir]- Resmî site
- MEGA sitesi (Japon kullanıcılar için)
22 Haziran 2018 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. - MEGA: A biologist-centric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences. (2008) Kumar S, Dudley J, Nei M & Tamura K. Briefings in Bioinformatics Vol.9, pages 299-306
Kaynakça
[değiştir | kaynağı değiştir]- ^ a b Kumar, S., K. Tamura, and M. Nei (1993) MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis. Ver. 1.0, The Pennsylvania State University, University Park, PA.
- ^ a b Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., Kumar, S. (2013) MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0. Mol. Biol. Evol. 30:2725-2729.
- ^ "MEGA Update History". MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis. 22 Haziran 2018 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 20 Haziran 2013.
- ^ Kumar, S., K. Tamura, and M. Nei (1994) MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis software for microcomputers. CABIOS 10:189-191.
- ^ a b Kaynak hatası: Geçersiz
<ref>etiketi;MEGA2000isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: Kaynak gösterme) - ^ Kumar, S., Tamura, K., and Nei, M. (2004) MEGA3: Molecular Evolutionary Genetics Analysis. Brief. Bioinformatics 5:150-163.
- ^ a b Tamura, K., Dudley, J., Nei, M., Kumar, S. (2007) MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis. Mol. Biol. Evol. 24(8):1596-1599.
- ^ a b c Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N., Stecher, G., Nei, M., Kumar, S. (2011) MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods. Mol. Biol. Evol. 28:2731-2739.
- ^ Kumar, S., Stecher, G., & Tamura, K. (2016). MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol. Biol. Evol. 33(7):1870–1874.