Alt-üst proteomik
Alt-üst proteomik, kütle spektrometresi ile analizden önce proteinlerin proteolitik sindirim aracılığı ile proteinleri tanımlamak, amino asit dizilerini ve translasyon sonrası modifikasyonlarını karakterize etmek için yaygın kullanılan bir yöntemdir.[1][2] Proteomikte kullanılan bu yönteme alternatif olarak mevcüt başlıca iş akışına üst-alt proteomik denir; bu yöntemde yekpare haldeki proteinler sindirim ve/veya parçalanmadan önce kütle spektrometresi içinde veya 2D elektroforez ile saflaştırılır.[3] Esasen, alt-üst proteomik, belirli bir hücre, doku vb. numunenin protein yapısını belirlemenin nispeten basit ve güvenilir bir yoludur.[4]
Alt-üst proteomikte, ham protein özütü enzimatik olarak sindirilir ve ardından, kütle spektrometrisine bağlanan sıvı kromatografi ile peptitlerin bir veya daha fazla boyutta ayrılır.[5][6] Proteolitik peptitlerin kütlelerini veya bunların ardışık kütle spektrumlarını, bir peptit spektral kitaplığındaki bir dizi veritabanıından veya annote edilmiş peptit spektralinden tahmin edilenlerle karşılaştırarak, peptitler tanımlanabilir ve çoklu peptit tanımlamaları bir protein tanımlaması halinde birleştirilebilir.
Ayrıca bakınız
[değiştir | kaynağı değiştir]Kaynakça
[değiştir | kaynağı değiştir]- ^ "Mass spectrometry-based proteomics". Nature. 422 (6928): 198-207. Mart 2003. doi:10.1038/nature01511. PMID 12634793.
- ^ Chait BT (2006). "Chemistry. Mass spectrometry: bottom-up or top-down?". Science. 314 (5796): 65-6. doi:10.1126/science.1133987. PMID 17023639.
- ^ "Top-down proteomics: Enhancing 2D gel electrophoresis from tissue processing to high-sensitivity protein detection". Proteomics. 14 (7–8): 872-889. 2014. doi:10.1002/pmic.201300424. PMID 24452924.
- ^ "Bottom-up Proteomics". PlanetOrbitrap. Thermo Fisher Scientific. 15 Eylül 2012 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 20 Kasım 2017.
- ^ "Large-scale analysis of the yeast proteome by multidimensional protein identification technology". Nat. Biotechnol. 19 (3): 242-247. 2001. doi:10.1038/85686. PMID 11231557.
- ^ "An automated multidimensional protein identification technology for shotgun proteomics". Anal. Chem. 73 (23): 5683-5690. 2001. doi:10.1021/ac010617e. PMID 11774908.