Dendrogram
Düğümlerin yüksekliğine sahip hiyerarşik bir kümelenmenin (UPGMA) dendrogramı (bakteriyel 5S rRNA dizisi verilerinden[1] uyarlanmıştır).
Sünger türlerinin varlığı/yokluğu kullanılarak deniz yerleşimlerinin hiyerarşik kümelenmesi için bir dendrogram çıktısı.[2]
Yaşam ağacının bir dendrogramı. Bu filogenetik ağaç, Woese ve diğ. rRNA analizi[3] çalışmasından uyarlanmıştır. Alttaki dikey çizgi, Son evrensel ortak atayı (LUCA) temsil eder.
Sol ve üst kenar boşluklarında iki dendrogramı gösteren RNA-Seq verilerinin ısı haritası.
Bir dendrogram veya ağaç diyagramı, bir ağacı temsil eden bir diyagramdır. Bu şekilsel gösterim, farklı bağlamlarda sıklıkla kullanılır:
- hiyerarşik kümelemede, ilgili analizler tarafından üretilen kümelerin düzenini gösterir.[4]
- hesaplamalı biyolojide, genlerin veya örneklerin kümelenmesini, bazen ısı haritalarının (yoğunluk haritalarının) kenarlarında gösterir.[5]
- filogenetikte, çeşitli biyolojik taksonlar arasındaki evrimsel ilişkileri gösterir. Bu durumda, dendrograma filogenetik ağaç da denir.[6]
Dendrogram, Grekçe: δένδρον (déndron) "ağaç" anlamına gelen ve Grekçe: γράμμα (grámma) "çizim, matematiksel şekil" anlamına gelen iki antik yunan kelimesinden türemiştir.[7][8]
Kümeleme örneği
[değiştir | kaynağı değiştir]Kümeleme örneği için, beş taksonun ('dan 'ye) UPGMA tarafından genetik uzaklık matrisine göre kümelenmiştir. Hiyerarşik kümeleme dendrogramı, ilk verileri temsil eden beş düğümden oluşan bir sütun gösterecektir (burada ayrı taksonlar) ve geri kalan düğümler, mesafeyi (yani farklılığı) temsil eden oklarla birlikte verilerin ait olduğu kümeleri temsil eder. Birleştirilmiş kümeler arasındaki mesafe tekdüzedir ve birleşme düzeyiyle birlikte artar: arsadaki her bir düğümün yüksekliği, iki bağ (ilişki) arasındaki gruplar arası farklılığın değeriyle orantılıdır (sağdaki düğümler, tümü sıfır yükseklikte işaretlenmiş olan bireysel gözlemleri temsil eder.).
Ayrıca bakınız
[değiştir | kaynağı değiştir]- Cladogram
- Soyoluşta uzaklık matrisleri
- Hiyerarşik kümeleme
- Dendrogramları çizmek için bir ücretsiz yazılım olan MEGA
- yEd, dendrogramları çizmek ve otomatik olarak düzenlemek için ücretsiz bir yazılım
Kaynakça
[değiştir | kaynağı değiştir]Alıntılar
[değiştir | kaynağı değiştir]- ^ Swofford, David L.; Olsen, Gary J.; Waddell, Peter J.; Hillis, David M. (1996). "Phylogenetic inference". Hillis, David M.; Moritz, Craig; Mable, Barbara K. (Ed.). Molecular Systematics (2. bas.). Sunderland, MA: Sinauer. ss. 407-514. ISBN 9780878932825.
- ^ Van Soest, R.; Boury-Esnault, N.; Vacelet, J.; Dohrmann, M.; Erpenbeck, D.; De Voogd, N.; Santodomingo, N.; Vanhoorne, B.; Kelly, M.; Hooper, J. (27 Nisan 2012). Roberts, John Murray (Ed.). "Global Diversity of Sponges (Porifera)". PLOS One. Public Library of Science (PLoS). 7 (4): e35105. doi:10.1371/journal.pone.0035105. ISSN 1932-6203. PMC 3338747
. PMID 22558119.
- ^ Woese, Carl R.; Kandler, O.; Wheelis, M. (1990). "Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya" (PDF). Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 87 (12): 4576-4579. Bibcode:1990PNAS...87.4576W. doi:10.1073/pnas.87.12.4576. PMC 54159 . PMID 2112744. 7 Kasım 2017 tarihinde kaynağından (PDF) arşivlendi29 Aralık 2020.
- ^ Everitt, Brian (1998). Dictionary of Statistics. Cambridge, UK: Cambridge University Press. s. 96. ISBN 0-521-59346-8.
- ^ Wilkinson, Leland; Friendly, Michael (Mayıs 2009). "The History of the Cluster Heat Map". The American Statistician. 63 (2): 179-184. doi:10.1198/tas.2009.0033.
- ^ "Phylogenetic tree (biology)". Encyclopedia Britannica (İngilizce). 22 Ekim 2018 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 22 Ekim 2018.
- ^ Bailly, Anatole (1 Ocak 1981). Abrégé du dictionnaire grec français. Paris: Hachette. ISBN 2010035283. OCLC 461974285.
- ^ Bailly, Anatole. "Greek-french dictionary online". www.tabularium.be. 21 Nisan 2014 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 20 Ekim 2018.
Kaynaklar
[değiştir | kaynağı değiştir]- Galili, T. (2015). "dendextend: an R package for visualizing, adjusting and comparing trees of hierarchical clustering". Bioinformatics. 31 (22). ss. 3718-3720. doi:10.1093/bioinformatics/btv428. PMC 4817050 . PMID 26209431.
Konuyla ilgili yayınlar
[değiştir | kaynağı değiştir]- Sokal, Robert R.; Rohlf, F. James (1962), "The comparison of dendrograms by objective methods", Taxon, ss. 33-40
- Waterman, Michael S.; Temple, F. Smith (1978), "On the similarity of dendrograms", Journal of Theoretical Biology, 73 (4), ss. 789-800
- Petchey, Owen L.; Gaston, Kevin J. (2007), "Dendrograms and measuring functional diversity", Oikos, 116 (8), ss. 1422-1426
- Forina, M.; Armanino, C.; Raggio, V. (2002), "Clustering with dendrograms on interpretation variables", Analytica Chimica Acta, 454 (1), ss. 13-19
- Van Sickle, John (1997), "Using mean similarity dendrograms to evaluate classifications", Journal of Agricultural, Biological, and Environmental Statistics, ss. 370-388
- Murtagh, Fionn (1984), "Counting dendrograms: a survey", Discrete Applied Mathematics, 7 (2), ss. 191-199
- Lapointe, François-Joseph; Legendre, Pierre (1995), "Comparison tests for dendrograms: A comparative evaluation", Journal of Classification, 12 (2), ss. 265-282
Dış bağlantılar
[değiştir | kaynağı değiştir]- İris dendrogramı 29 Kasım 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. - Gerçek tür kategorisine karşı "tam" yöntemini kullanarak hiyerarşik kümelemeden 3 kümeyi görselleştirmek için bir dendrogram kullanma örneği (R kullanarak).
- Bock, Tim. "What is a Dendrogram?". 23 Eylül 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 29 Aralık 2020.
- "DENDROGRAM". 31 Mart 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 29 Aralık 2020.
- "dendrogram" komutu Matlab yardım sayfası 26 Ekim 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.