Jmol
(JSmol sayfasından yönlendirildi)
mol_logo_2013.svg){kind=logo} | |
 Jmol programı ile streptavidin'in 3B yapısının gösterimi | |
| Geliştirici | Jmol geliştirme takımı |
|---|---|
| İlk yayınlanma | 2001) |
| Güncel sürüm | 16.3.7[1]  22 Aralık 2024 |
| Kod deposu | sourceforge.net/projects/jmol |
| Programlama dili | Java |
| İşletim sistemi | Çapraz platform |
| Platform | Java içeren sistemler ve Java içermeyen Web tarayıcılar |
| Diller | 16 dil |
Dil listesi Katalanca, Çince, Çekçe, Danca, Felemenkçe, İngilizce, Fransızca, Almanca, Macarca, Endonezce, İtalyanca, Korece, Portekizce, İspanyolca, Türkçe, Ukraynaca[2] | |
| Tür | Moleküler modelleme |
| Lisans | LGPL 2.0 |
| Resmî sitesi | jmol.org |
Jmol, kimyasal yapıların 3 boyutlu moleküler modellenmesine yönelik bir bilgisayar yazılımıdır.[3] Jmol, bir öğretim aracı olarak[4] veya örneğin kimya ve biyokimya araştırmaları için kullanılabilecek bir molekülün 3 boyutlu temsilini döndürür. Java programlama dilinde yazılmıştır, dolayısıyla Java yüklüyse Windows, MacOS, Linux ve Unix işletim sistemlerinde çalışabilir. GNU Kısıtlı Genel Kamu Lisansı (LGPL) sürüm 2.0 kapsamında yayımlanan ücretsiz ve açık kaynaklı bir yazılımdır.
Popüler bir özellik, molekülleri çeşitli şekillerde görüntülemek için web sayfalarına entegre edilebilen bir uygulamadır. Örneğin moleküller top ve çubuk modelleri, boşluk doldurma modelleri, şerit diyagramlar vb. olarak gösterilebilir.[5]
Ekran görüntüleri
[değiştir | kaynağı değiştir]-
Pyrococcus furiosustan bir H/ACA kutusu RNP'sinin kristal yapısı. -
Hemoglobin tetramerindeki iki tuz köprüsü vurgulanmaktadır (hemo grubu sağ altta çubuklar halinde). -
Bir DNA parçasına bağlı, ardışık üç çinko parmak motifi oluşturan bir transkripsiyon faktörü TFIIIA parçası. -
Thermus thermophilustan öbakteriyel 70S Ribozom. -
Jmol üzerinde alfa-amilaz. Asp 300:camgöbeği, glu 233:macenta ve asp 197:sarı renkle gösterilmiş. -
Peptit Nükleik Asit (PNA) yapısı
Ayrıca bakınız
[değiştir | kaynağı değiştir]- Chemistry Development Kit (CDK)
- Moleküler mekanik modelleme için yazılımlar karşılaştırılması
- Özgür ve açık kaynak kodlu yazılım paketlerinin listesi
- Moleküler grafik sistemleri listesi
- Moleküler grafik
- Molekül editörü
- Proteopedia
- PyMOL
- SAMSON
- SMILES
Kaynakça
[değiştir | kaynağı değiştir]- ^ "Jmol / Version 16.3 / Jmol 16.3.7". Erişim tarihi: 11 Ocak 2025.
- ^ "Jmol translations". 3 Mart 2016 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 6 Eylül 2023.
- ^ Chen, Jim X. (2008), Springer (Ed.), Guide to Graphics Software Tools, s. 471, ISBN 978-1-84800-900-4
- ^ Herráez, A (2006), "Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue", Biochemistry and Molecular Biology Education, 34 (4), ss. 255-61, doi:10.1002/bmb.2006.494034042644
, PMID 21638687, 31 Mayıs 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi6 Eylül 2023
- ^ Herráez, A (2007), Lulu (Ed.), How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures, Volume 1, s. 21, ISBN 978-1-84799-259-8, 6 Eylül 2023 tarihinde kaynağından arşivlendi6 Eylül 2023
Dış bağlantılar
[değiştir | kaynağı değiştir]
Wikimedia Commons'ta Jmol ile ilgili ortam dosyaları mevcuttur.
- Resmî site
- Willighagen, Egon; Howard, Miguel (Haziran 2007). "Fast and Scriptable Molecular Graphics in Web Browsers without Java3D". Nature Precedings. doi:10.1038/npre.2007.50.1 .
- Jmol extension for MediaWiki
- Biomodel
- Molview