Moleküler grafik sistemleri listesi
Bu, makromolekülleri görselleştirmek için kullanılan önemli yazılım sistemlerinin bir listesidir.[1]
| Ad | Veri | Lisans | Teknoloji | Alıntılar | Yorumlar |
|---|---|---|---|---|---|
| Amira | EM MM MRI Optik SMI XRD | Tescilli[2] | Windows, Linux, Mac | [3][Şahsen yayımlanan kaynaklar?] | OpenInventor/OpenGL tabanlı; yaşam ve biyomedikal bilimlere odaklanıyor. |
| Ascalaph Designer | MM MD QM | Tescilli | C++ | [4][Şahsen yayımlanan kaynaklar?] | Grafikler, model oluşturma, moleküler mekanik, kuantum kimyası. |
| Avizo | EM MM MRI Optik SMI XRD | Tescilli[5] | Windows, Linux, Mac | [6][Şahsen yayımlanan kaynaklar?] | Avizo, Amira'dan türetilmiştir ve malzeme bilimine odaklanmaktadır. |
| Avogadro | MM XRD MD | Bedava açık-kaynak, GPL | C++, Qt, Python modülleri aracılığıyla genişletilebilir | ||
| BALL | MD MM NMR | LGPL açık-kaynak | Bağımsız program | [7] | |
| Cn3D | Bedava açık-kaynak | Bağımsız program | [8] | NCBI C++ araç setinde | |
| Coot | XRD | Bedava açık-kaynak | |||
| Gabedit | XRD MM | Bedava açık-kaynak | C | [9] | |
| Jmol | Bedava açık-kaynak | Java (applet veya bağımsız program) Tarayıcı için dönüştürülmüş HTML5/JavaScript |
[10][Şahsen yayımlanan kaynaklar?] | Bağımsız hareket, yüzeyler ve moleküler orbitaller, boşluk görselleştirme, kristal simetrisi ile birden fazla molekül yükleme gibi gelişmiş yetenekleri destekler. | |
| MDL Chime | Tescilli, ticari olmayan kullanım ücretsiz | Sadece Windows için C++ tarayıcı eklentisi | [11][Şahsen yayımlanan kaynaklar?] | Molekül ve periyodik sistemleri (kristal, yapılar, sıvılar...) oluşturun ve görselleştirin, yörüngeleri canlandırın, moleküler orbitalleri, yoğunluğu, elektrostatik potansiyeli görselleştirin... IR, NMR, dielektrik ve optik tensörler gibi grafikleri görselleştirir. | |
| Mol* | MM MD NA SMI XRD | Bedava açık-kaynak (MIT) | TypeScript (WebGL, React) | [12] | Şu anda RCSB-PDB ve EMBL/PDBe tarafından kullanılan görüntüleyici. Bir betik dili içerir. |
| Molden | MM XRD | Tescilli, akademik kullanım ücretsiz | [13] | ||
| Molecular Operating Environment (MOE) | HM MD MM NA QM SMI XRD | Tescilli | Windows, Linux, OS X; SVL programlama dili | Küçük moleküller, makromoleküller, protein-ligand kompleksleri, kristal kafesler, moleküler ve özellik yüzeyleri oluşturun, düzenleyin ve görselleştirin. Kapsamlı moleküler modelleme / ilaç keşfi uygulamaları koleksiyonu için platform. | |
| Molekel | MM XRD | Bedava açık-kaynak | Java 3D applet veya bağımsız program | ||
| PyMOL | MM XRD SMI EM | Açık-kaynak[14] | Python | [15][Şahsen yayımlanan kaynaklar?] | Yazara göre, bilimsel literatürde 3D protein yapılarının yayınlanan tüm görüntülerinin neredeyse 1/4'ü PyMOL ile yapılmıştır.[kaynak belirtilmeli] |
| RasMol | Bedava açık-kaynak | C bağımsız program | [16][17][18][Şahsen yayımlanan kaynaklar?] | ||
| SAMSON | MM MD SMI MRI | Tescilli, sınırlı ücretsiz sürüm | Windows, Linux, Mac. C++ (Qt) | [19] | Hesaplamalı nanobilim: yaşam bilimleri, malzemeler, vb. Modüler mimari, SAMSON Elemanları olarak adlandırılan modüller. |
| Sirius | Bedava açık-kaynak | Java 3D applet veya bağımsız program | 2011'den itibaren artık desteklenmemektedir. | ||
| Scigress | MM QM | Tescilli[20] | Bağımsız program | [21] | Çeşitli moleküler sistemler üzerinde simülasyonları düzenleme, görselleştirme ve çalıştırma. |
| Spartan | MM QM | Tescilli[22] | Bağımsız program | [23] | Biyomolekülleri görselleştirin ve düzenleyin, daha fazla hesaplama analizi için PDB dosyalarından bağlı ligandları çıkarın, aerodinamik grafik kullanıcı ara yüzü ile tam moleküler mekanik ve kuantum kimyasal hesaplamalar paketi. |
| UCSF Chimera | XRD SMI EM MD | Bedava açık-kaynak (ticari olmayan kullanım için)[24][25] | Python | [26][27][Şahsen yayımlanan kaynaklar?] | Tek/çoklu sekans görüntüleyici, yapı tabanlı sekans hizalama, entegre analizler için otomatik sekans-yapı karışma içerir.[28] |
| VMD | EM MD MM | Bedava açık-kaynak (ticari olmayan kullanım için)[29] | C++ | [30][31][Şahsen yayımlanan kaynaklar?] | |
| WHAT IF | HM XRD | Tescilli, Akademik kullanım için shareware | Fortran, C, OpenGL, bağımsız | [32][Şahsen yayımlanan kaynaklar?] | Eski moda ara yüz; deneyimli biyo-informatikçiler için çok iyi bir yazılım; yaklaşık 2000 protein yapısıyla ilgili seçenek; 500 sayfalık bir dokümanla birlikte geliyor. |
| YASARA | HM NMR XRC | Tescilli, sınırlı ücretsiz sürüm | C-assembly, Windows, Linux, Mac | [33][Şahsen yayımlanan kaynaklar?] | Yapı tahmini ve yerleştirme dahil olmak üzere tam özellikli moleküler modelleme ve simülasyon programı. Grafik veya metin modu (kümeler), Python ara yüzü. |
Anahtar
[değiştir | kaynağı değiştir]Aşağıdaki tablo, her bir sistemde hangi veri türlerinin görselleştirilebileceğini göstermektedir:
- EM - Elektron mikroskobu
- HM - Homoloji modelleme
- MD - Moleküler dinamik
- MM - Moleküler modelleme, moleküler orbital görselleştirme
- MRI - Manyetik rezonans görüntüleme
- NA - Nükleik asitler
- NMR - Nükleer manyetik rezonans
- Optik - Optik mikroskop
- QM - Kuantum kimyası
- SMI - Küçük molekül etkileşimleri
- XRD - Elektron yoğunluğu gibi X-ışını kristalografisi verileri
Ayrıca bakınız
[değiştir | kaynağı değiştir]- Biyolojik veri görselleştirme
- Nükleik asit simülasyon yazılımları karşılaştırması
- Moleküler mekanik modelleme yazılımları karşılaştırması
- Mikroskopi görselleştirme sistemleri listesi
- Açık kaynaklı biyoinformatik yazılımları listesi
- Moleküler grafikler
- Molekül düzenleyici
Kaynakça
[değiştir | kaynağı değiştir]- ^ O'Donoghue SI, Goodsell DS, Frangakis AS, Jossinet F, Laskowski RA, Nilges M, ve diğerleri. (Mart 2010). "Visualization of macromolecular structures". Nature Methods. 7 (3 Suppl). ss. S42-55. doi:10.1038/nmeth.1427. PMC 7097155
. PMID 20195256.
- ^ "Amira commercial license". 31 Mayıs 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
- ^ "Amira for Life & Biomedical Sciences". 28 Şubat 2019. 1 Kasım 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 28 Şubat 2019.
- ^ "Ascalaph". 24 Şubat 2010 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.
- ^ "Avizo commercial license". 31 Mayıs 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
- ^ "Avizo, the 3D Visualization and Analysis Software for Scientific and Industrial Data". 26 Eylül 2018. 29 Ocak 2011 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 5 Ağustos 2010.
- ^ Hildebrandt, Andreas (25 Ekim 2010). "BALL - biochemical algorithms library 1.3". BMC Bioinformatics. Cilt 11. s. 531. doi:10.1186/1471-2105-11-531 . PMC 2984589 . PMID 20973958.
- ^ Wang Y, Geer LY, Chappey C, Kans JA, Bryant SH (Haziran 2000). "Cn3D: sequence and structure views for Entrez". Trends in Biochemical Sciences. 25 (6). ss. 300-2. doi:10.1016/S0968-0004(00)01561-9. PMID 10838572.
- ^ "Gabedit A graphical user interface for computational chemistry packages". 6 Ocak 2024 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
- ^ "Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D". 18 Kasım 2010 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.
- ^ "Chime Pro". Symx. 24 Ocak 2009 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.[ölü/kırık bağlantı]
- ^ Sehnal, David; Bittrich, Sebastian; Deshpande, Mandar; Svobodová, Radka; Berka, Karel; Bazgier, Václav; Velankar, Sameer; Burley, Stephen K; Koča, Jaroslav; Rose, Alexander S (2 Temmuz 2021). "Mol* Viewer: modern web app for 3D visualization and analysis of large biomolecular structures". Nucleic Acids Research. 49 (W1). ss. W431-W437. doi:10.1093/nar/gkab314. PMC 8262734 . PMID 33956157.
- ^ "Molden a visualization program of molecular and electronic structure". 5 Temmuz 2007 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
- ^ "PyMOL License". GitHub. 8 Ocak 2010. 27 Mart 2023 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 27 Mart 2023.
- ^ "PyMOL Molecular Viewer". 17 Eylül 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.
- ^ Sayle RA, Milner-White EJ (Eylül 1995). "RASMOL: biomolecular graphics for all". Trends in Biochemical Sciences. 20 (9). ss. 374-376. doi:10.1016/S0968-0004(00)89080-5. PMID 7482707.
- ^ Bernstein HJ (Eylül 2000). "Recent changes to RasMol, recombining the variants". Trends in Biochemical Sciences. 25 (9). ss. 453-5. doi:10.1016/S0968-0004(00)01606-6. PMID 10973060.
- ^ "Home Page for RasMol and OpenRasMol". 16 Aralık 2009 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.
- ^ "SAMSON Connect". 21 Şubat 2024 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
- ^ "Scigress commercial license". 5 Aralık 2023 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
- ^ "Scigress". fqs.pl. 12 Eylül 2014. 1 Ekim 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
- ^ "Spartan webpage". 14 Ekim 2009 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
- ^ Spartan Tutorial & User's Guide 18 Haziran 2022 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. 1-890661-38-4
- ^ "UCSF Chimera code repository". www.rbvi.ucsf.edu. 27 Mart 2023 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 27 Mart 2023.
- ^ "UCSF Chimera license". 21 Şubat 2024 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
- ^ Pettersen EF, Goddard TD, Huang CC, Couch GS, Greenblatt DM, Meng EC, Ferrin TE (Ekim 2004). "UCSF Chimera--a visualization system for exploratory research and analysis". Journal of Computational Chemistry. 25 (13). ss. 1605-12. CiteSeerX 10.1.1.456.9442 . doi:10.1002/jcc.20084. PMID 15264254.
- ^ "UCSF Chimera". 31 Ağustos 2009 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.
- ^ Meng EC, Pettersen EF, Couch GS, Huang CC, Ferrin TE (Temmuz 2006). "Tools for integrated sequence-structure analysis with UCSF Chimera". BMC Bioinformatics. Cilt 7. s. 339. doi:10.1186/1471-2105-7-339 . PMC 1570152 . PMID 16836757.
- ^ "Visual Molecular Dynamics license". 21 Ocak 2022 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
- ^ Humphrey W, Dalke A, Schulten K (Şubat 1996). "VMD: visual molecular dynamics". Journal of Molecular Graphics. 14 (1). ss. 33-8, 27-8. doi:10.1016/0263-7855(96)00018-5. PMID 8744570.
- ^ "VMD - Visual Molecular Dynamics". 23 Eylül 2009 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.
- ^ "WHAT IF homepage". 1 Mayıs 2011 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.
- ^ "YASARA – Yet Another Scientific Artificial Reality Application". 10 Şubat 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.
Dış bağlantılar
[değiştir | kaynağı değiştir]
Wikimedia Commons'ta Moleküler grafik sistemleri listesi ile ilgili ortam dosyaları mevcuttur.
- Saric M. "Free Molecular Modelling Programs=". A rather detailed, objective, and technical assessment of about 20 tools.
- "PDB list of molecular graphics tools".
- "Index of Molecular Visualization Resources".
- "Molecular Visualization Resources by Eric Martz".