SIESTA (bilgisayar programı)

SIESTA ('Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands of Atoms, Türkçe: Binlerce Atomlu Elektronik Simülasyon Girişimi), moleküller ve katıların üzerine ab initio moleküler dinamik simülasyonlarını gerçekleştirmek ve etkilielektronik yapı hesaplamalarını yapabilmek için tasarlanmış orijinal bir yöntem ve bu yöntemin bilgisayar programı uygulamasıdır. SIESTA'nın verimliliği, kesinlikle yerelleştirilmiş temel kümelerin kullanılmasından ve uygun sistemlere uygulanabilen doğrusal ölçekleme algoritmalarının varlığından kaynaklanmaktadır. Kodun çok önemli bir özelliği, doğruluk ve maliyetinin, hızlı keşif hesaplamalarından- düzlem dalga ve tüm elektron yöntemleri gibi diğer yaklaşımların kalitesiyle eşleşen- son derece hassas simülasyonlara kadar geniş bir aralıkta ayarlanabilmesidir.

13 Mayıs 2016'dan bu yana, 4.0 sürüm duyurusu ile SIESTA, GPL açık kaynak lisansı koşulları altında yayınlanmaktadır. Kaynak paketler ve geliştirme sürümlerine erişim yeni geliştirme ve dağıtım platformundan 13 Nisan 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. mümkündür.

SIESTA'nın güçlü yönleri

SIESTA'nın güçlü yanları:

Esnek kod
Yoğun hesaplama gerektiren sistemler üzerinde çalışabilir
Yüksek verimli paralelleştirme
Profesyonel kullanım için destek 30 Aralık 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.

Şu anda programda var olan çözümler

SIESTA, 1996 yılından beri sürekli gelişmektedir. Mevcut sürümdeki ana çözümler şunlardır:

Eşdoğrusal ve eşlenik olmayan spin polarize hesaplamalar
Van der Waals fonksiyonel etkin uygulaması
Wannier fonksiyon uygulaması
TranSIESTA / TBTrans modülü (YENİ! 4.1 sürümünde)
Yerinde Coulomb düzeltmeleri (DFT + U) (YENİ! 4.1 sürümünde)
Güçlü lokalize elektronların tanımı, geçiş metali oksitleri
Spin-yörünge kuplajı (SOC / Spin-orbit coupling) (YENİ! 4.1 sürümünde)
Topolojik izolatör, yarıiletken yapılar ve kuantum transport hesapları
NEB (Nudged Elastic Band) (LUA 28 Mayıs 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. ile arayüz) (YENİ! 4.1 sürümünde)

Geliştirilmekte olan çözümler

GW yaklaşımı
Zamana Bağlı DFT (TDDFT)
Hibrit Fonksiyoneller
Bant açılımı
Gerçek uzayda Poisson çözücü

İşlem sonrası araçları

SIESTA için bir dizi işlem sonrası araç geliştirilmiştir. Bu programlar SIESTA çıktısını işlemek veya programın işlevselliğini desteklemeye yardımcı olabilir.

Uygulamalar

Uygulanmasından bu yana SIESTA, çok çeşitli sistemlere (nanotüpler, nanokümeler, biyolojik moleküller, amorf yarıiletkenler, ferroelektrik filmler, düşük boyutlu metaller, vb.) uygulandı.^[1]^[2]^[3]

Ayrıca bakınız

Kuantum kimyası bilgisayar programları

Kaynakça

^ Mashaghi A et al. Hydration strongly affects the molecular and electronic structure of membrane phospholipids J. Chem. Phys. 136, 114709 (2012)
^ Mashaghi A et al. Interfacial Water Facilitates Energy Transfer by Inducing Extended Vibrations in Membrane Lipids, J. Phys. Chem. B, 2012, 116 (22), pp 6455–6460
^ Mashaghi A et al. Enhanced Autoionization of Water at Phospholipid Interfaces. J. Phys. Chem. C, 2013, 117 (1), pp 510–514

==Konuyla ilgili okumalar

Izquierdo (2000). "Systematic ab initio study of the electronic and magnetic properties of different pure and mixed iron systems". Physical Review B. 61 (20). s. 13639.
Robles (2001). "All-electron and pseudopotential study of the spin-polarization of the V(001) surface: LDA versus GGA". Physical Review B. 63 (17). s. 172406.
Soler (2002). "The SIESTA method for ab initio order-N materials simulation". Journal of Physics: Condensed Matter. 14 (11). ss. 2745-2779.

Dış bağlantılar

SIESTA web sitesi6 Ekim 2011 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
SIESTA eğitimi 19 Ağustos 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. - SIESTA'ya giriş.
SIESTA indir 13 Nisan 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
SIESTA için profesyonel destek 30 Aralık 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.

[1] Mashaghi A et al. Hydration strongly affects the molecular and electronic structure of membrane phospholipids J. Chem. Phys. 136, 114709 (2012)

[2] Mashaghi A et al. Interfacial Water Facilitates Energy Transfer by Inducing Extended Vibrations in Membrane Lipids, J. Phys. Chem. B, 2012, 116 (22), pp 6455–6460

[3] Mashaghi A et al. Enhanced Autoionization of Water at Phospholipid Interfaces. J. Phys. Chem. C, 2013, 117 (1), pp 510–514

[1]

[2]

[3]